小長井中学校は

「たくましい体と思いやりの心を持ち、ともに磨き合い、意欲に満ちた生徒を育成します」

小長井地域は、昭和３５年以降人口減少が続いており、令和５年の人口総数は４，６５７人、昭和３５年の８，３９０人と比較して、３，７３３人（４４．５％）減少しています。特に中学生の数は、昭和３５年の５２６人から令和５年は８３人となり、４４３人（８４．２％）の大幅な減少となっております。
令和３年９月に、「諫早市過疎地域持続的発展計画」が策定され、小長井地区の過疎対策として、地域に人が集い、生き生きと躍動するまちづくりを目指すことを目的とした様々な取組がなされております。
本校は、「地域ぐるみでふるさとの魅力発見・課題解決・情報発信を目指した探究的な学習に、自律的・継続的に取り組み、ふるさとを支える実践力を育むこと」を目的としております。この目的が、諫早市や小長井町の取組と一致しており、ふるさとに貢献できる人材育成を目指しております。
また、学校の主役は「生徒」であることを第一義として、全職員で生徒たちと積極的に関わり、授業においては、話し合い活動や表現する場面を多く設定し、主体的な学びを育むような「わかりやすい授業」を目指しております。